デスクトップ効果が無効になる

Ubuntu 9.04, kernel 2.6.28-14-generic が来ているのでアップデートした。その後NVDIAのドライバーを毎回入れ直しする。その後デスクトップ効果(compiz)がエラーが出て有効にならなくなってしまった。これを有効にしないとGLやxvが遅いので困る。
各種設定を消しからやると有効に出来た。

rm -rf .gconf .gconfd .gnome2

比較するとどうも compiz あたりが違うみたいなのだがよくわからなかった。